繁华大都会纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

艾略特、布格和所有的心爱的林地的生物带来一个全新的喜剧冒险。

在“后斯诺登时代”，伯恩重出江湖，对抗大反派Asset。故事最开始将在希腊展开，这里是民主政治的诞生地，同时这个国家现在面临严重的经济危机，足以对欧洲经济圈造成巨大威胁，最后故事将在拉斯维加斯结束。