在澳洲大堡礁温暖的海水里，小丑鱼玛林和儿子尼莫生活在安逸而隐蔽的海底，一天，一直向往到海洋中冒险的尼莫，游出了他们所居住的珊瑚礁。却被渔夫捞走并卖到了悉尼当了人类的玩物。 为了救回心爱的孩子，本来胆小怕事的玛林决心跟上澳洲洋流，踏上寻找自己儿子的漫漫征程。一路上玛林遇到了很多形形色色的朋友，也遭遇了各式各样的危机。最终救回了自己的儿子。

故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场，之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年，阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键，安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类，已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是，阿尼莫奈潜入Eureka Seven的内部——。